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Les nouvelles pistes du gouvernement pour réformer les congés maladie des agents publics
Réforme du temps partiel thérapeutique, évolution des congés longue maladie, subrogation pour les indemnités journalières des contractuels… L’administration du ministère de l’Action et des Comptes publics présentera mercredi 3 juin, lors d’un groupe de travail extraordinaire, une série de mesures destinées à réformer les règles relatives aux congés maladie et à la santé des agents publics.
C’est dans le cadre d’un groupe de travail extraordinaire, organisé le mercredi 3 juin, que l’administration du ministère de l’Action et des Comptes publics s’apprête à présenter une série d’évolutions des règles relatives aux congés maladie et à la santé des agents.
Une réunion préalable à la présentation d’un décret qui devrait intervenir dans les prochains mois.
Au programme, notamment, la reprise de propositions autour du temps partiel thérapeutique (TPT), avec lesquelles l’ensemble des organisations syndicales de la fonction publique se sont déjà montrées en désaccord. L’administration réaffirme en effet son intention d’introduire un délai de réponse de 30 jours pour l’employeur à la réception de la demande de temps partiel thérapeutique, sauf si celle-ci succède à un congé de longue maladie (CLM), un congé de longue durée (CLD), un congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS) ou encore à la disponibilité d’office pour raison de santé (DORS). “Le temps partiel thérapeutique dans la fonction publique est une avancée, réagit Luc Farré, secrétaire général de l’Unsa Fonction publique. Attendre 30 jours avant d’obtenir un accord est contre-intuitif avec l’objectif d’aider des agents en difficulté.”
Mais selon les documents transmis aux organisations syndicales en amont de la réunion, l’exécutif persiste et signe sur cet aspect. Le projet est aussi de faire en sorte que l’employeur soit contraint de rendre sa décision au plus tard le jour de la reprise, tandis que le refus d’une demande de TPT doit être précédé d’un entretien entre l’agent et l’autorité compétente, et la décision doit être motivée.
L’administration met aussi en avant une évolution du rôle du médecin agréé dans ce cadre. Il est proposé que l’employeur puisse demander l’avis d’un médecin agréé dès la réception d’une demande de TPT. “Si l’employeur a saisi le conseil médical en formation restreinte en contestation de l’avis rendu par le médecin agréé et que ce conseil médical a rendu un avis conforme aux conclusions du médecin agréé, l’employeur ne peut contester ce deuxième avis devant le conseil médical supérieur”, peut-on par ailleurs lire dans les documents préparatoires. Il est aussi précisé qu’aucun refus ni aucune interruption de TPT pour motif médical ne peut intervenir sans conclusions préalables du médecin agréé.
Parmi les bonnes nouvelles néanmoins, l’administration prévoit un maintien des majorations et indexations relatives à une affectation outre-mer pour l’agent en congé longue maladie la première année. “Aussi, cette surrémunération sera considérée comme de la rémunération principale et non comme de l’indemnitaire, précise Luc Farré. Du point de vue de l’Unsa, c’est quelque chose de positif.”
Les inquiétudes se placent davantage sur les conditions d’obtention d’un congé de longue maladie (CLM) et d’un congé de maladie de longue durée (CLD). Le ministère annonce qu’il sera mis fin à la saisine des conseils médicaux en cas de renouvellement des congés longue maladie et congés longue durée à l’expiration de la période rémunérée de plein traitement. Les employeurs conserveront l’obligation de saisir le médecin agréé au moins une fois par an pour tous les agents en CLM ou CLD. “ Les CLM et CLD sont essentiellement faits pour soigner des maladies très graves, appuie Luc Farré. Si cela implique une procédure compliquée avec un renouvellement tous les mois, cela ne peut pas fonctionner.” L’objectif pour l’organisation syndicale est d’obtenir une procédure réunissant des conditions qui reprennent le cheminement actuel et notamment l’avis du comité médical.
Inquiétudes autour des congés de longue maladie et des congés de longue durée
“Nous dénonçons à nouveau la volonté de compliquer toujours plus la vie des agents en congé maladie, et de s’en prendre aux malades, dénonce, de son côté, Caroline Chevé, secrétaire générale de la FSU fonction publique. C’est un choix insupportable alors que les agents publics ne sont pas plus souvent malades que les salariés, que leurs métiers de contact les exposent particulièrement et que leurs conditions de travail influent beaucoup sur leur état de santé.”
L’administration détaille également une série d’adaptations rendues nécessaires par la loi de finances de la Sécurité sociale pour 2026 “avec un objectif d’équité”, fait-elle valoir. Les agents devront désormais obligatoirement utiliser le formulaire Cerfa sécurisé pour les avis d’arrêt de travail dans le cadre du plan de lutte contre la fraude. À compter du 1ᵉʳ septembre, le nouvel encadrement des durées de prescription médicale des arrêts de travail par le code de la sécurité sociale sera également pris en compte, et notamment la règle selon laquelle une prolongation des arrêts de travail ne peut être prescrite que par le médecin qui a prescrit l’arrêt initial.
Concernant les obligations de l’agent en congé pour raison de santé, une interdiction de tout travail rémunéré pendant le congé de maladie ordinaire est envisagée, comme pour le reste des congés pour raisons de santé, ainsi qu’une mise en place de sanctions en cas de manquement aux obligations liées à ces congés.
De nouvelles mesures sont aussi présentées en matière de santé des agents et notamment pour les agents contractuels de droit public de l’État en congé maladie : l’État devra bientôt percevoir à leur place leurs indemnités journalières de la Sécurité sociale (mécanisme de subrogation). L’État garantira en contrepartie le maintien de la rémunération de l’agent et calculera directement sa rémunération maintenue. Ce mécanisme sera étendu aux indemnités journalières perçues par l’agent contractuel bénéficiant d’un temps partiel thérapeutique.
Sur le droit à la formation, il s’agit de mettre en œuvre la possibilité de poursuivre ou de commencer une formation pendant un congé pour raison de santé, avec une extension de ce droit aux contractuels et aux ouvriers de l’État.
L’administration s’apprête également à présenter aux syndicats des chantiers à ouvrir à moyen terme, pour compléter la mise en œuvre de l’accord prévoyance. Au programme, la mise en place d’une procédure de télécontrôle des arrêts de travail pour faciliter la prise en charge des agents et l’organisation de visites de reprise et de pré-reprise.
Article Acteurs Publics du 1 juin 2026
Article publié le 1er juin 2026.